Especialistas elaboraban pinturas a base de pigmentos derivados de plantas, animales y minerales. Debido a que éstos son naturales, los colores originales del Lienzo de Quauhquechollan se han borrado o desvanecido con el paso del tiempo. Algunas de las fuentes de donde provenían los colores en Mesoamérica eran:
- Cochinilla: Estos insectos, que viven en los cactus, son originarios de América. Los cuerpos disecados de las hembras producen el color rojo.
- Purpura patula: Las secreciones blancas de este molusco de mar producen un tinte púrpura muy cotizado.
- Añil o índigo: De las hojas de esta planta se obtiene un pigmento azul. Hace poco se le identificó como uno de los componentes del famoso “azul maya”.
- Palo de Campeche: El duramen rojo sangre de este árbol se utiliza para los colores rojo, púrpura rojizo y un hermoso negro.
- Palo de mora: De la madera de este árbol tropical se obtiene el color amarillo.